Angesichts vieler „Skandalpatente“, die das Europäische Patentamt vergeben hat, wird vermehrt die Frage nach dem Aufbau dieses Amtes und Kontrollmechanismen gestellt. Das EPA wurde auf Grundlage des Europäischen Patentübereinkommens (EPÜ) eingerichtet, eines internationalen Vertrages, der grundsätzlich von den Vertragsparteien geändert werden kann – damit könnte das EPA durch diese im Prinzip auch wieder aufgelöst werden.

Praktisch wichtiger ist der Verwaltungsrat des EPA. Er setzt sich aus Vertretern der Patentämter der Mitgliedstaaten zusammen und ist das „gesetzgebende“ Organ des EPA. Der Verwaltungsrat kann beispielsweise darüber entscheiden, wie das EPÜ ausgelegt werden soll und entsprechende Vorschriften erlassen. Daneben gibt es verschiedene Abteilungen des EPA, die sich mit der Prüfung von Anträgen und der Erteilung von Patenten befassen sowie die Beschwerdekammern, die das „Gericht“ innerhalb des EPA darstellen. Das EPA finanziert sich aus den von ihm eingenommenen Gebühren für die Erteilung von Patenten. Im Jahr 2004 beliefen sich diese laut Jahresbericht auf ca. 1 Mrd. Euro. Die Art und Weise der Finanzierung des EPA führt dazu, dass das EPA ein großes Eigeninteresse an der Erteilung einer möglichst großen Anzahl von Patenten hat. Eine wirksame Kontrollinstanz besteht demgegenüber nicht: Der Verwaltungsrat setzt sich aus Individuen zusammen, die dem Patentwesen auf Grund ihrer Herkunft aus nationalen Patentämtern nicht kritisch gegenüberstehen. Die Problematik wird noch dadurch verschärft, dass das Patentrecht eine sehr technische Materie ist und Fachwissen benötigt wird, um beispielsweise besonders skandalöse Patente auf Leben in den Datenbanken des Amtes zu recherchieren. Öffentliche Empörung hat die im Jahr 2001 erfolgte Erteilung von Patenten auf Gene ausgelöst, die mit Brustkrebserkrankungen im Zusammenhang stehen. Die Patente umfassen neben den Genen selbst auch Diagnose-Verfahren sowie die Verwendung der Gene zu Zwecken der Therapie und Herstellung von Arzneimitteln. Sie gehören der US Firma Myriad, verteuern Tests zur Entdeckung von Brustkrebs erheblich und behindern die Forschung an Heilmethoden für die Behandlung von Brustkrebs. Eine Koalition aus mehreren Organisationen und europäischen Regierungen geht inzwischen auf juristischem Wege gegen die Patente vor und erreichte damit eine vorläufige Teilrücknahme der Patente, gegen die Myriad sich aber noch wehren kann. Kurios: selbst das Europäische Parlament, das durch seine Zustimmung zur Biopatent-Richtlinie den Weg für derartige Patente erst ebnete, protestierte in einer Resolution gegen die erteilten Patente.